ネットショップ手数料の比較｜決済手段別の実質率と手取り額

ネットショップの手数料は3種類、固定費が2種類

比較するときは、まず種類を分けて考えます。かかるタイミングが違うものを合計してしまうと、計算が合わなくなります。

手数料と呼べるのは上の3つで、売上や振込の回数に応じて増えます。月額費用と初期費用は売上と無関係にかかる固定費です。「手数料5種類」としてまとめている比較表もありますが、売上に連動するかどうかで打ち手が変わるので、分けて見たほうが判断しやすくなります。

3つの手数料のうち、見落とされやすいのは決済手数料と販売手数料の違いです。決済手数料はカード会社や決済代行会社に渡るもので、販売手数料はプラットフォームに渡るものです。プラットフォームが「販売手数料0円」とうたっていても、決済手数料は別にかかります。カラーミーショップとmakeshopはどちらも販売手数料が0円ですが、クレジットカード決済の手数料は発生します。

もう1つ、金額ではなく時間の差があります。売れてから口座に入るまでの日数です。これは料金表に手数料として載らないので比較表から抜け落ちますが、早めるには料率のかかるオプションを使うことになります。後ろの節で扱います。

「手数料のかからないネットショップ」は存在しない

初期費用と月額費用が0円のサービスはありますが、手数料が1円もかからないサービスはありません。商品代金をカードや電子マネーで受け取る以上、決済を処理する会社への手数料が必ず発生します。プラットフォームがその取り分をゼロにしても、決済会社の取り分は残ります。

そして月額0円のプランは、たいてい月額のぶんを決済手数料に移しています。同じサービスのなかでプランを比べると、構造がはっきり見えます。

出典：カラーミーショップ（プラン・料金一覧・フリープラン）／STORES（料金ページ）／BASE（料金プランページ）

いずれも2026年10月時点の記載です。STORESのスタンダードは月契約の金額で、年契約なら月あたり3,300円に下がります。

無料プランから乗り換えるべき月商を計算する

料率の差と月額を比べれば、どこで総額が逆転するかが出ます。カラーミーショップのフリープランとレギュラープランで計算します。料率の差は3.2ポイント、これに1件あたり30円の固定分が乗ります。

客単価3,000円なら月商およそ12万円、客単価10,000円ならおよそ14万円で逆転します。固定の30円が効くため、客単価が低いほど早く逆転します。STORESは料率の差が1.9ポイントで固定分がないので、月契約ならおよそ21万円、年契約ならおよそ17万円が分かれ目です。

BASEのスタンダードとグロースの分岐点は、客単価によって動く幅が大きいため別に計算しています。

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主要サービスの手数料を並べる

ここまでの料金を一覧にします。いずれも2026年10月時点の公式ページの記載で、料金体系は予告なく変更されます。契約前に公式ページで確認してください。

出典：BASE（料金プラン）／STORES（料金ページ）／カラーミーショップ（プラン・料金一覧）／Shopify（料金ページ）／makeshop（料金プラン）／minne（販売手数料のヘルプ）

表の読み方で1つ注意があります。Shopifyは年払いにすると月額が下がり、Basicは月あたり3,650円、Growは10,100円になります。STORESとmakeshopも契約期間を長くすると割引があります。上の表は契約期間を縛らない月払いの金額なので、実際に払う額はこれより下がる可能性があります。

モールに出店する場合は構造が変わります。Amazonは大口出品が月額4,900円（税抜）で、カテゴリーごとの販売手数料は多くが5%から15.4%です。Yahoo!ショッピングは初期費用が0円、月額システム利用料が10,000円（税抜）で、これに売上ロイヤルティ2.5%が加わります。

出典：Amazon 出品料金／Yahoo!ショッピング 出店費用

同じ売上でも、決済手段で手取りが変わる

手数料の料率は、決済手段ごとに別に決まっています。料金表に載っているのはクレジットカードの数字ですが、実際の店舗ではコンビニ決済も代金引換も後払いも使われます。それぞれ料率が違うので、手取りも変わります。

カラーミーショップが使うカラーミーペイメントは、決済手段ごとの手数料を公開しています。レギュラープランで3,000円の注文が入ったとき、ショップ側の負担はこうなります。

いちばん安い銀行振込といちばん高いカンガルー代引で、実質負担は20倍以上違います。クレジットカードの3.4%という数字は、実際に発生する負担の幅のなかではむしろ安いほうです。

単価が上がると順番が入れ替わる

重要なのは、この順番が固定ではないことです。1件あたり定額の決済手段は、単価が上がると負担率が下がります。料率型は単価に関係なく一定です。10,000円の注文で計算し直すと、順番が入れ替わります。

出典：カラーミーショップ（カラーミーペイメント 決済手数料一覧）

3,000円ではコンビニ決済がカードより高く、10,000円では半分以下になります。客単価が低い店ほど、定額型の決済手段を増やすと利益を削られます。逆に客単価が1万円を超える店なら、コンビニ決済や銀行振込を用意したほうが手数料は下がります。

BASEにも似た仕組みがあります。PayPay・Amazon Pay・PayPalで支払われた注文には、決済手数料にシステム手数料相当額1%が加算されます。同じ商品が同じ金額で売れても、購入者が選んだ決済手段で手取りが変わります。

手数料は送料を含む注文合計にかかる

もう1つ、料金表を読んだだけでは分からない点があります。手数料の計算対象は商品代金ではなく、送料を含む注文合計です。

minneのヘルプでは、販売手数料10.56%の対象を「作品価格＋購入オプション価格＋送料」と明記しています。BASEも注文の合計金額に対して決済手数料とサービス利用料がかかります。つまり送料を別に受け取る注文では、その送料にも手数料が乗ります。

3,000円の商品に送料500円を足して3,500円で受け取ると、minneの場合の手数料はおよそ370円です。商品代金だけが対象ならおよそ317円なので、差は約53円です。1件では小さいですが、月100件ならおよそ5,300円になります。

ここから、送料の扱いで3つの選択肢が出てきます。

送料を価格に含めても、受け取る合計が同じなら手数料も同じです。送料の手数料を減らす唯一の方法は、受け取る合計額を下げることです。手数料を気にして送料無料にすると、手数料より大きい送料を自分で払うことになります。順番を間違えないようにしてください。

振込手数料より入金サイクルのほうが重い

比較表には振込手数料が載りますが、金額としては小さい部分です。BASEは一律250円、STORESは275円、minneは220円です。月に1回なら年間3,000円ほどで、料率の差に比べれば小さい差です。

効いてくるのは、売れてから口座に入るまでの日数です。

BASEの最速振込は申請額の3%です。これはクレジットカードの決済手数料とほぼ同じ水準です。入金を当日にするために、売上の3%を追加で払う形になります。使うかどうかは別として、入金を早める費用は実質的な手数料として見ておくべき数字です。

当月末締めで翌月末入金なら、月初に売れた商品の代金が入るのは約2か月後です。仕入れが先に出る商材では、この期間の運転資金を自分で用意する必要があります。手数料が0.5ポイント安いサービスより、入金が1か月早いサービスのほうが助かる場面があります。

ShopifyとmakeshopはShopifyペイメントや決済代行会社との契約内容で入金サイクルが変わるため、ここには載せていません。契約前に確認してください。

出典：BASE（振込までの日数）／STORES（料金ページ）／カラーミーショップ（カラーミーペイメント）

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月商別に、実質の負担率を計算する

ここまでの料金を月商別に合計します。条件は客単価5,000円、すべてクレジットカード決済、月払いまたは月契約です。各サービスでその月商で最も安くなるプランを使います。

プランを選べる自社EC5サービスで比べます。minneはプランがなく一律10.56%なので、月商が変わっても負担率は動きません。この表には入れていません。

プランの選び方を補足します。月商10万円ではBASEのスタンダード、STORESとカラーミーショップはフリープランが最安です。月商50万円ではSTORESとカラーミーショップが有料プランに変わり、BASEは月商44万円あたりでグロースのほうが安くなるため、ここではグロースの金額を載せています。

この表から読めることは1つです。月商が増えると、負担率の差はほとんどなくなります。

月商10万円では最安と最高で11.39ポイント開きます。金額では毎月11,390円の差で、年間ではおよそ13万7千円です。月商200万円では0.25ポイントまで縮み、年間の差はおよそ6万円になります。売上が20倍になっても、サービス選びで動く金額は半分以下です。

ただし金額の差は、途中でいちばん大きくなります。月商50万円では負担率の差が2.51ポイントに縮んでいるのに、年間の差はおよそ15万円で最大です。率が縮むより売上が増えるほうが速いためです。率で見れば差は縮み続けますが、金額で見ると月商50万円前後がもっとも損をしやすい帯になります。この帯にいるなら、プランの見直しがそのまま効きます。

理由は単純です。月額費用を売上で割った分が負担率に乗るので、売上が大きくなるほど月額の重みが消え、料率の差だけが残ります。各社の料率は2.9%から3.6%の狭い範囲に集まっているため、差が出なくなります。

つまり、手数料でサービスを選ぶ意味がいちばん大きいのは立ち上げ期です。月商200万円を超えてからは、手数料より機能や運用のしやすさで選んだほうが利益に効きます。

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支払った手数料の会計処理と消費税

手数料は払った時点で終わりではありません。帳簿にどう載せるか、消費税がかかるかで、手元に残る額がもう一度変わります。

必要経費に算入できる

事業として運営しているなら、手数料は必要経費になります。国税庁は事業所得の必要経費を「総収入金額に対応する売上原価その他その総収入金額を得るために直接要した費用の額」と「その年に生じた販売費、一般管理費その他業務上の費用の額」と説明しています。決済手数料も月額利用料も、売上を得るために必要な費用にあたります。

出典：国税庁 タックスアンサー No.2210 やさしい必要経費の知識

勘定科目の名称は法令で決まっていません。支払手数料として処理するのが一般的ですが、名称を自社で決めて継続して使えば問題ありません。大事なのは期をまたいで同じ科目を使うことです。

カード決済手数料は消費税の非課税取引

こちらは知らずに処理すると間違えます。国税庁は、信販会社が加盟店から譲り受ける債権の額と加盟店への支払額との差額が、消費税法施行令第10条第3項第8号に該当し非課税になると示しています。令和7年8月1日現在の法令にもとづく回答です。

出典：国税庁 質疑応答事例「クレジット手数料」

非課税なので消費税が乗りません。インボイス制度のもとでも、非課税取引には適格請求書による仕入税額控除という論点が生じません。決済手数料のインボイスが届かないのは、発行漏れではなく非課税だからというケースがあります。

一方で、月額利用料・初期費用・振込手数料は役務の提供にあたるので課税取引です。消費税がかかり、仕入税額控除の対象になります。

手数料で選ぶときの判断基準

ここまでの数字から、判断の順番をまとめます。

1. 今の月商を確認する

   月商10万円前後なら無料プラン、50万円を超えるなら有料プランです。カラーミーショップは客単価3,000円でおよそ12万円、STORESは月契約でおよそ21万円が分かれ目です。

2. 客単価で決済手段を決める

   客単価3,000円なら定額型の決済手段を増やさないこと。1万円を超えるなら、コンビニ決済や銀行振込を用意したほうが手数料は下がります。

3. 入金サイクルが資金繰りに合うか見る

   仕入れが先に出る商材では、翌月末入金で回るかを確認します。回らないなら、料率が高くても入金の早いサービスのほうが合います。

4. 月商200万円を超えたら基準を変える

   各社3.65%から3.90%に収まるので、手数料で選ぶ意味が薄れます。機能と運用のしやすさで選びます。

最後に、この記事の数字の扱いについて書きます。料金体系は予告なく変わります。実際にYahoo!ショッピングは、無料で出店できると説明されていた時期から変わっています。契約の前に、必ず提供元の公式ページで現在の金額を確認してください。この記事の数字はすべて2026年10月時点の公式ページの記載にもとづいています。