個人事業主の会計ソフトおすすめ4選｜ネットショップの売上連携で比較

個人事業主の会計ソフトは3つの条件で選ぶ

個人事業主の会計ソフトは、どれも確定申告書の作成と銀行・クレジットカードの明細取得に対応しています。差が出るのは次の3つです。

ネットショップで売っている人は、2つ目と3つ目で選ぶソフトが変わります。取引先の事業者向けにインボイス登録をした場合や、売上が増えて課税事業者になった場合は、所得税に加えて消費税の申告が必要です。そのときに最安プランのままでは申告できないソフトがあります。

売上の取り込みは、日々の入力の手間に直結します。注文が月に数件なら手入力でも回りますが、数十件を超えると連携の有無で作業時間が大きく変わります。

青色申告と白色申告のどちらにするかは、開業届と一緒に決めておきます。青色申告をするには、承認を受けたい年の3月15日まで（その年の1月16日以後に開業した場合は開業から2か月以内）に、青色申告承認申請書を税務署に出す必要があります。

出典：国税庁「No.2070 青色申告制度」

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会計ソフト4本の料金と機能を比較

個人事業主向けのクラウド会計ソフト4本の料金と、ネットショップ運営で効く機能をまとめました。料金は年払いの年額です。

出典：freee会計（個人事業主向け料金プラン）／マネーフォワード クラウド確定申告（料金・料金体系の一部改定について）／やよいの青色申告 オンライン／やよいの白色申告 オンライン

2026年10月28日時点の公式ページの記載で、金額はすべて税抜です。やよいの2本の金額は、初年度無料が終わった2年目以降の年額です。BASEの売上連携は、各社の公式ページやサポートで案内を確認できたものを「あり」としています。料金や連携先は変わることがあるため、契約前に公式ページで確認してください。

freee会計：スマホのアプリだけで申告まで進められる

freee会計の個人向けプランは、スターター・スタンダード・プレミアム・入力おまかせの4つです。年払いではスターターが月980円（年11,760円）、スタンダードが月1,980円（年23,760円）、プレミアムが年39,800円です。月払いではスターターが月1,780円、スタンダードが月2,980円です。

消費税申告はスタンダード以上でないと使えません。スターターは、確定申告書類の作成・明細の取得・請求書の作成までです。電話サポートはプレミアム以上で付きます。

iOSとAndroidのアプリがあり、取引の登録から確定申告書類の作成・提出までスマホだけで行えると案内しています。e-Taxはマイナンバーカードを使ってアプリから送信できます。お試し期間が終わると無料プランに切り替わりますが、利用できる機能に制限があるため、申告まで無料で済ませる使い方には向きません。

マネーフォワード クラウド確定申告：12月1日に料金が改定される

マネーフォワード クラウド確定申告は、パーソナルミニ・パーソナル・パーソナルプラスの3プランです。2026年12月1日に、個人向けの料金が改定されます。

出典：マネーフォワード クラウド確定申告（料金体系の一部改定について）

金額は税抜です。改定前に契約している人は、12月1日以降の更新から新しい料金になります。年払いで11月中に契約した場合は、翌年の更新まで改定前の料金です。

パーソナルミニでは消費税申告が使えません。インボイス登録をしている場合は、パーソナル以上が必要です。スマホアプリからのe-Taxには、マイナンバーカードと、カードの読み取りに対応したスマホが必要です。無料のお試しは1か月で、終わっても有料プランに自動では切り替わりません。

やよいの青色申告 オンライン：全プランで機能が同じ

やよいの青色申告 オンラインは、セルフ・ベーシック・トータルの3プランです。3プランとも使える機能は同じで、違うのはサポートの範囲だけです。消費税申告・インボイス対応・e-Taxも、どのプランでも使えます。

出典：やよいの青色申告 オンライン

金額は税抜の年額です。初年度の無料や半額はキャンペーンとして案内されています。適用には、自動更新の支払い方法として口座振替かクレジットカードの登録が必要です。更新の前月にメールで案内が届き、契約終了月の前月末日までなら解約できます。

やよいの白色申告 オンライン：フリープランは申告まで無料

やよいの白色申告 オンラインは、フリー・ベーシック・トータルの3プランです。フリープランはずっと無料で、所得税の確定申告・消費税申告・インボイス対応・e-Taxまで、有料プランと同じ機能を使えます。サポートはWebFAQだけです。

ベーシックは初年度無料で2年目以降が年11,500円、トータルは初年度10,500円で2年目以降が年21,000円です（いずれも税抜）。フリープランは更新の手続きが要りませんが、3年間ログインしないと使えなくなります。白色申告専用なので、青色申告に切り替えるときは、やよいの青色申告 オンラインに移ります。

2年間の費用で比べる：インボイス登録の有無で差が開く

月額の安さだけで選ぶと、インボイス登録をしたときにプランの変更が必要になります。2年間の費用を、消費税申告が要らない場合と要る場合に分けて計算しました。

計算の条件は次のとおりです。金額はすべて税抜で、年払いの2年分です。

• freee会計：スターター（年11,760円）、スタンダード（年23,760円）、プレミアム（年39,800円）の2年分
• マネーフォワード：パーソナルミニ（年10,800円）、パーソナル（年22,560円）、パーソナルプラス（年38,160円）の2年分。12月1日以降の料金で計算
• やよいの青色申告 オンライン：セルフは初年度無料と2年目の11,800円、電話サポートありはベーシックの初年度無料と2年目の22,800円

消費税申告が要る場合、2年間でやよいの青色申告 オンラインとの差は3万円を超えます。freee会計とマネーフォワードは、消費税申告を使うために上位プランへ上げる必要があるからです。やよいは全プランで機能が同じなので、インボイス登録をしてもセルフのままで足ります。

一方で、freee会計とマネーフォワードはBASEの売上を取り込めます。注文が多く、売上と手数料を1件ずつ入力する時間が月に数時間かかっているなら、差額を払って連携のあるソフトを選ぶ意味があります。次の章で、ショップごとの連携の状況を見ていきます。

ネットショップの売上を取り込めるか：BASE・Shopify・minne

ネットショップの売上は、ショップの管理画面と銀行口座の2か所に記録が残ります。会計ソフトにどちらから取り込むかで、記帳の手間と正確さが変わります。

出典：freee会計（freeeと連携することで業務効率化が加速するシステム一覧）／マネーフォワード クラウド確定申告（「BASE」とのデータ連携について・「Shopify」とのデータ連携終了について）／やよいの青色申告 オンライン（Amazonビジネス、STORES、USENレジと連携する方法）

2026年10月28日時点で、各社の公式ページとサポートで確認できた範囲です。やよいのソフトでネットショップとの連携として案内されているのはSTORESで、取り込めるのは注文の売上だけです（入金の情報は対象外）。白色申告 オンラインの連携先も、青色申告 オンラインと同じサポートページで案内されています。

マネーフォワードのBASE連携では、BASEで「対応済」になった売上を、発送日を取引日として取り込みます。BASEでキャンセルされた売上は、マイナスの金額で取り込まれます。

売上は「振り込まれた額」ではなく総額で記帳する

連携がないショップで気をつけたいのが、売上の金額です。ショップから銀行に振り込まれるのは、売上から決済手数料やサービス利用料を引いた残りです。

この振込額をそのまま売上にすると、売上が実際より小さく記録されます。手数料も経費に入らないので、利益は同じでも帳簿の売上高が合わなくなります。売上高は、消費税の課税事業者になるかどうかの判定や、後で触れる青色申告の10万円控除の判定にも関わる数字です。

正しくは、手数料を引く前の売上を売上高とし、手数料を支払手数料などの経費として分けて記録します。BASEとminneの手数料の内訳は、次の記事で計算しています。

関連記事BASEの手数料はいくら｜4つの内訳と実質料率の計算

関連記事minneの手数料はいくら｜10.659%の計算とBASEとの差

連携がないショップの記帳手順

Shopifyやminneのように直接連携がないショップは、次の流れで記帳すると総額と入金を両方そろえられます。

1. 月ごとの売上と手数料を集計する

   ショップの管理画面の売上明細から、その月の売上の総額と、差し引かれた手数料を書き出します。

2. 売上を売掛金として計上する

   売上の総額を売上高、まだ振り込まれていない分を売掛金として記録します。手数料は支払手数料として記録します。

3. 振込があった日に売掛金を消す

   銀行口座の明細から入金を取り込み、売掛金の回収として記録します。売上として二重に計上しないよう注意します。

明細をまとめて取り込みたい場合は、CSVファイルの取り込み機能が使えます。マネーフォワードは仕訳帳のインポート、やよいの青色申告 オンラインはスマート取引取込のCSVファイル取込を案内しています。ショップの明細をソフトの形式に合わせて加工すれば、手入力を減らせます。

出典：マネーフォワード クラウド確定申告（「仕訳帳」をインポートする）／やよいの青色申告 オンライン（CSVファイル取込）

青色申告特別控除と会計ソフト：令和9年分から最大75万円

会計ソフトを選ぶうえで影響が大きいのが、青色申告特別控除の改正です。令和8年度の税制改正で、令和9年分（2028年に行う確定申告）から控除額と要件が変わります。

出典：国税庁「No.2072 青色申告特別控除」／国税庁「記帳のしかた（青色申告者）」／国税庁「簡易簿記による10万円の青色申告特別控除を適用している皆様へ」

令和8年分までは、e-Taxで申告するか優良な電子帳簿を保存するかのどちらかで65万円です。令和9年分からは、65万円にはe-Taxが必須になります。75万円は、その要件に加えて次のどちらか（または両方）を満たす場合です。

• 優良な電子帳簿の保存：仕訳帳と総勘定元帳を、一定の要件を満たす電子データで保存し、届出書を出す。要件には、訂正・削除・追加の履歴が残ることや、取引の日付・金額・相手方で検索できることなどがある
• 請求書データ等との自動連携：国税庁長官が定める基準に合うシステムで、デジタルインボイスか預貯金口座の決済データを要件に従って保存し、届出書を出す

この表は、令和8年5月1日現在の法令等にもとづく国税庁の資料から作っています。届出書の様式や細かな要件は、適用が近づくにつれて案内が更新されることがあります。実際に申告する年の国税庁の案内で、金額と要件を確認してください。

会計ソフトで何が変わるか

令和9年分からは、紙で申告すると複式簿記で帳簿をつけていても控除は10万円です。65万円以上を受けるには、e-Taxで申告できる環境が前提になります。比較した4本は、いずれもe-Taxでの申告に対応しています。

75万円の要件の1つである優良な電子帳簿は、訂正・削除の履歴が残る仕組みが必要です。表計算ソフトの帳簿では、この要件を満たすのは現実的ではありません。やよいの青色申告 オンラインは、75万円の要件のうち優良な電子帳簿に対応していると公式ページで案内しています。freee会計も、公式ページで青色申告75万円控除などの法改正に自動対応するとしています。

令和9年分の帳簿は、2027年1月1日の取引から始まります。75万円をめざすなら、2026年中にソフトを決め、2027年の初日から同じソフトで記帳するのが確実です。年の途中でソフトを替えると、帳簿の要件を年間を通じて満たしているか確認する手間が増えます。

会計ソフトを使わないで確定申告はできるか

会計ソフトを使わなくても、確定申告はできます。必要なのは、帳簿をつけることと、申告書を作って出すことの2つです。

帳簿は、表計算ソフトや手書きでも構いません。白色申告でも、事業所得がある人には記帳と帳簿・書類の保存が必要です。売上は取引の年月日・相手方・金額などを記載しますが、白色申告では日々の合計金額をまとめて書くなどの簡易な方法も認められています。帳簿は7年、請求書や領収書などの書類は5年保存します。

申告書は、国税庁の確定申告書等作成コーナーで作れます。確定申告書と青色申告決算書のデータを作り、e-Taxでそのまま送信できます。

出典：国税庁「個人で事業を行っている方の記帳・帳簿等の保存について」／国税庁「記帳のしかた（青色申告者）」

注意したいのは、売上の記録が足りない場合の扱いです。令和5年分の確定申告に対する修正申告などから、売上の帳簿を保存していなかったり記載が不十分だったりしたことが税務調査で分かると、加算税の割合が5%または10%上乗せされます。ソフトを使わないなら、売上の記録だけは漏れなく残してください。

無料で済ませたい場合は、やよいの白色申告 オンラインのフリープランという選択肢もあります。表計算ソフトで帳簿を作る手間と比べて、無料のソフトで明細を取り込むほうが楽な場合も多いはずです。

BASE・minneで売っている人が最初の1年でやること

ネットショップを始めた年に、会計ソフトを使って確定申告まで進める流れです。

1. 開業届と青色申告承認申請書を出す

   青色申告にするなら、開業から2か月以内（1月1日から15日までの開業ならその年の3月15日まで）に申請書を出します。

2. 事業用の口座とカードをソフトに登録する

   ショップの売上の振込先と、仕入れや送料の支払いに使うカードを登録し、明細を自動で取り込みます。

3. ショップの売上の取り込み方を決める

   BASEならfreee会計かマネーフォワードで連携します。連携がないショップは、月ごとに売上の総額と手数料を集計して入力します。

4. 月に1回、未処理の明細を片づける

   取り込んだ明細に勘定科目を付けて登録します。年末にまとめてやると、内容を思い出せない取引が増えます。

5. マイナンバーカードを用意してe-Taxで申告する

   スマホでカードを読み取れれば、各ソフトから電子申告できます。申告期限は翌年の3月15日です。

インボイス登録をするかどうかは、売り先によって判断が分かれます。一般の消費者に売るネットショップでは、買い手がインボイスを求めることはほとんどありません。事業者向けの卸や法人からの注文がある場合は、登録を求められることがあります。登録したら、その時点で消費税申告に対応したプランかを確認してください。

まとめ

個人事業主の会計ソフトは、どれを選んでも確定申告書は作れます。ネットショップ運営者が比べるべきなのは、消費税申告に必要なプランの料金と、ショップの売上を取り込む手間です。インボイス登録の予定と、売っているショップの名前を書き出してから、この記事の表に当てはめて選んでください。